北海阴蒂肥大常与遗传基因有关，由胚胎发育期在遗传基因控制下生殖结节发育异常所致。后天获得性的肥大阴蒂则常与内分泌紊乱有关，即雄性激素相对增高。一旦性别确诊为属女性或男性性腺和性器官发育不良且长期以女性生活者。